Dzūkijos nacionalinis parkas plyti Dainavos smėlingos lygumos pietinėje dalyje. Šiaurės vakarinis parko pakraštys „užkopia“ ant Dzūkų aukštumos. Šiuos rajonus skirianti riba yra palei Veisiejų - Merkinės moreninį kalvotą ruožą.
Reljefas ir Geologija
Dzūkijos nacionalinio parko teritorija yra dviejų stambių geologinių struktūrų, Baltijos sineklizės ir Mozūrijos - Baltarusijos anteklizės sandūroje. Viršutinę 120-150 m storio kvartero nuosėdinių uolienų dalį suformavo kontinentiniai ledynai ir jų tirpsmo vandenys. Dabartinį Parko reljefą kūrė paskutiniojo (Nemuno) apledėjimo Grūdos stadijos Merkio žemupio - Katros ledyninė plaštaka, jos tirpsmo vandenys bei Žiogelių ir Aukštaičių stadijų apledėjimų fluvioglacialinių srovių poveikis.
Apie du trečdaliai parko teritorijos yra smėlingoje lygumoje, kurią vagoja stačiašlaičiai, su ryškiomis terasomis upių slėniai. Vienas iš unikaliausių parko kraštovaizdžių yra Marcinkonių, Lynežerio, Grybaulios ir Šunupio žemyninių kopų masyvai, kurių atsiradimą poledynmetyje sąlygojo pakankamai storas smėlio sluoksnis, lygus paviršius, sausas, vėjuotas klimatas ir menka augalija. Į šiaurę nuo Merkinės smėlingos terasinės lygumos dubakloniuose telkšo ežerų virtinės, o šiauriau Subartonių moreninėje aukštumoje vyrauja vidutiniškai kalvoti su daubomis vietovaizdžiai su įvairia dirvožemių ir naudmenų danga.
Dabartiniam parko reljefui daug įtakos turėjo ir upių, ypač Nemuno, veikla. Prieš 13-15 tūkstantmečių sunyko ledyninės Promerkio ir Pronemunio upės, tekėjusios į pietvakarius, ir dėl žemės plutos kilimo pietuose Nemuno vandenys ties Nemunaičiu pradėjo tekėti į šiaurę link Alytaus. Nemunas suklostė ir plačias storasmėles terasas ties Panara, Gudeliais, Netiesų ir Druskininkų kaimais. Upės keičia Parko reljefą ir dabartiniu metu.
Parko paviršius yra vidutiniškai 100 m aukštyje virš jūros lygio, o aukščiausias taškas - Dalgiakalnis (168,2 m virš jūros lygio), kuris yra žemyninių kopų masyve už 4 km į šiaurės rytus nuo Marcinkonių. Žemiausia vieta - Nemuno vaga ties Krikštonimis (66 m virš jūros lygio). Santykiniai aukščiai didžiausi Nemuno, Merkio, Ūlos, Skroblaus šlaituose bei kopų ruože.
Klimatas
Parko teritorijoje, ypač Dainavos lygumoje, dėl didesnio nuotolio nuo jūros ir pietinės padėties klimatas kontinentalesnis nei kitose Lietuvos dalyse. Gaunama saulės radiacija - 86 kcal/cm2 per metus - viena didžiausių Lietuvoje. Čia yra ir vieni didžiausių Lietuvoje paros, taip pat ir metų temperatūros svyravimai. Tam įtakos turi dideli smėlingi plotai, lengvai įšylantys (vasaros metu smėlynų paviršius gali įkaisti ir iki +50oC), bet lengvai ir atiduodantys sukauptą šilumą.
Vidutinė sausio mėnesio temperatūra -5,4oC, maksimali - 40oC; vidutinė liepos mėnesio temperatūra +17,7oC, maksimali +37oC (aukščiausia Lietuvoje). Parko teritorijai būdingi ramūs, mažai vėjuoti orai (apie 200 dienų per metus be vėjo), vyrauja vakarų ir pietvakarių vėjai. Per metus vidutiniškai iškrinta 624 mm kritulių, du trečdaliai šiltuoju metų laikotarpiu.
Dirvožemiai
Parko teritorijoje, ypač Dainavos lygumoje, vyrauja velėniniai jauriniai, jauriniai šilaininiai silpnai nujaurėję smėlio dirvožemiai. Pagal miško augaviečių charakteristiką net 82,9% miško dirvožemių yra normalaus drėgnumo labai nederlingi arba nederlingi. Žemesnėse, drėgnesnėse reljefo vietose paplitę velėniniai jauriniai glėjiški ir glėjiniai priesmėlio ant smėlio, o taip pat puveningi jauriniai glėjiniai dirvožemiai.
Vandens Telkiniai
Dzūkijos nacionalinio parko teritorija pasižymi palyginti mažais paviršiaus nuotėkiais, geromis lengvų gruntų filtracinėmis savybėmis, todėl upių tinklas mažai išsivystęs. Teritorija priklauso vandens pertekliaus sričiai tik dėka gausių gruntinių vandenų. Parkas išsiskiria šaltinių gausa ir įvairove, ypač jų daug Skroblaus upelio slėnyje.
Dzūkijos nacionalinis parkas nepasižymi dideliu ežerų skaičiumi ir jų plotu. Čia yra 48 ežerai. Jų bendras plotas apie 232 ha. Didžioji dalis ežerų susitelkę parko šiaurės vakarinėje dalyje - paskutiniojo apledėjimo kraštinių darinių srityje. Šie ežerai dažniausiai yra siauri, gilūs, stačių krantų, dažnai vingiuoti. Dar vieną ežerų grupę sudaro termokarstiniai ežerai, išsidėstę Dzūkijos kopų masyve. Jų forma dažnai taisyklingai apvali, ovali.
Dzūkijos nacionalinį parką galima pavadinti ir upių bei upelių parku. Į jį patenka Nemuno vidurupis, Merkio, Ūlos, Grūdos upių atkarpos, unikalus Skroblaus upelis - iš viso daugiau kaip 30 upių ir upelių. Upes maitina gruntiniai vandenys, todėl jų nuotėkis parko teritorijoje yra pastovesnis nei kitose Lietuvos vietose.
Augalija ir Gyvūnija
Dideli miškų plotai (47283 ha), kuriuose vyrauja sausi pušynai (net 92% miškų), užliejamos pievos, aukštapelkės ir žemapelkės (užimančios 1380 ha), smėlio kopos, gausių upių slėniai tapo prieglobsčiu įvairiems augalams ir gyvūnams. Daugelis iš jų yra būdingi tik šiam kraštui.
Dzūkijos nacionaliniame parke surasta apie 750 aukštesniųjų augalų rūšių, beveik 300 kepurėtųjų grybų rūšių, daugiau kaip 200 kerpių rūšių. Parke gyvena virš 50 žinduolių rūšių, nemažiau 150 rūšių paukščių, sutinkamos 7 roplių, 9 varl...